这个插件是做什么的
检查本地 BCL、FASTQ、BAM、计数矩阵和 VCF 等测序输入，只补问实验类型所缺信息，路由到合适的公开分析流程并在本地执行，保留验证、日志、清单、质控报告和结果索引。
实际使用时，可以先从“完成 BCL 拆分、FASTQ 质控并解释异常信号”开始，再根据任务继续“规划或执行胚系、肿瘤和 UMI 靶向面板变异分析”，并把“处理 bulk RNA-seq、ATAC-seq、ChIP 类实验或单细胞计数后的质控”纳入同一流程。官方目录列出的 18 个 Skills会按具体任务参与处理。
它更适合基因组学研究人员、生物信息分析师和需要本地处理测序数据的实验团队，尤其是希望按测序实验类型路由并执行带验证、质控和结果索引的本地 NGS 流程，并把相关资料与操作集中在 Codex 中完成的场景。
查看官方英文说明
A guided intake, routing, and execution plugin for next-generation sequencing workflows. It helps Codex inspect local sequencing inputs, ask only the missing assay-specific questions, choose public or freely accessible runtime-installable packages where possible, check existing tool availability before any install, and execute supported local workflows with validation, logs, manifests, QC reports, and artifact indexes. It includes deeper decision skills for BCL demultiplexing, FASTQ QC execution and interpretation, germline, somatic and UMI-panel DNA variants, bulk RNA-seq count generation and differential expression, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag, and embedded post-count scRNA-seq QC.
解决什么问题
- 不同测序实验需要选择不同工具链
- 输入与样本设计不完整时容易走错流程
- 分析结果又缺少可追溯质控材料
- 难以完成 BCL 拆分、FASTQ 质控并解释异常信号
- 难以规划或执行胚系、肿瘤和 UMI 靶向面板变异分析
适合哪些用户
- 基因组学研究人员
- 生物信息分析师
- 需要本地处理测序数据的实验团队
适合完成哪些任务
- 完成 BCL 拆分、FASTQ 质控并解释异常信号
- 规划或执行胚系、肿瘤和 UMI 靶向面板变异分析
- 处理 bulk RNA-seq、ATAC-seq、ChIP 类实验或单细胞计数后的质控
包含的 Skills
Skills（18）
使用前注意事项
安装 Life Sciences NGS Analysis 时可能需要连接发布者账户，具体权限取决于你的套餐、地区和工作区管理员设置。 官方标注包含 Write 能力；执行写入、修改、发送或发布前，请核对目标、内容和授权范围。 官方目录当前没有提供单条插件的最近更新时间；达灵感不会用目录同步时间冒充更新时间。
安装到 Codex
当前官方目录未提供可直接复制的命令。你可以复制下面的安装指令并发送给 Codex，Codex 会查找对应插件并发起安装确认。